pFind Studio: a computational solution for mass spectrometry-based proteomics

Seven experts in this field attended this seminar and gave reports. These experts were Feng Ge, Jing Li, Heng-Liang Wang, Ying-Chun Wang, Ping Xu, Gong Zhang and Li Zhu.

Associate Professor Rui-Xiang Sun and Dr. Chao Liu gave reports.

2015年4月下旬，蛋白质组信息学研究组（Proteome Informatics Research Group，iPRG）公布了由其组织的2015年蛋白质组数据分析国际评测结果。我所pFind团队提交的结果，在报告准确鉴定蛋白质数目（定性分析结果）、报告正确的含量显著差异蛋白质（定量分析结果）这两个关键指标上，表现出色。

蛋白质组信息学研究组（iPRG）前身是生物分子资源设施协会（The Association of Biomolecular Resource Facilities，ABRF）下属的生物信息学委员会（BioInformatics Committee）。其组织宗旨为评估现在生物信息应用研究水平，并对世界范围内各研究组的发展方向提供指导。为了实践该宗旨，iPRG每年最大的活动即是组织一次国际范围的蛋白质组数据分析评测。今年的评测内容是使用基于生物质谱技术的蛋白质非标记定性、定量软件，确定两个生物样品间的含量显著差异的蛋白质。评测主办方制备了两份完全相同的酵母样品，也就是说这两份样品中的蛋白质含量是一样的。这些蛋白质数目在4000到5000之间。另外，评测主办方在实验中以实验手段加入了6个含量显著差异蛋白质，做为正确答案。参评队伍要定性、定量分析数千个蛋白质，报告其中含量有显著差异的蛋白质。

今年的评测，吸引了来自世界各地共51支参评队伍，其中有10支队伍来自iPRG委员会委员领导的团队。大部分队伍提交了自己的详细信息，由此我们得知，有10支来自中国的队伍，6支来自比利时的队伍，5支来自法国的队伍，5支来自中国香港的队伍，4支来自瑞典的队伍，4支来自美国的队伍，2支来自澳大利亚的队伍，2支来自意大利的队伍，其他各队分别来自加拿大、希腊、以色列、瑞士和德国。

我所贺思敏研究员领导的pFind团队也参加了这次评测，主要工作由今年刚留所的刘超博士以及硕士二年级学生涂慧君在2015年1、2月完成。刘超博士使用pFind团队全自主开发的蛋白质定性软件pFind和蛋白质定量软件pQuant分析了本次评测的数据，并提交了结果。涂慧君使用德国马普学会Matthias Mann教授领导的实验室开发的MaxQuant软件分析了本次评测的数据，并提交了结果。其他有多支队伍也使用MaxQuant软件或自己开发的以及各主流商业软件分析本次评测的数据，并提交结果。

2015年4月下旬，美国普渡大学Olga Vitek博士公开报告了此次评测结果（http://www.abrf.org/index.cfm/group.show/ProteomicsInformaticsResearchGroup.53.htm）。我所pFind团队刘超博士提交的结果，报告准确鉴定蛋白质数目为4284个。pFind团队涂慧君提交的结果，报告准确鉴定蛋白质数目为3851个。其他队伍报告的准确鉴定蛋白质数目从3800左右向下到1500左右不等。

本次评测最核心的任务是报告样品间正确的含量显著差异蛋白质。我所pFind团队刘超博士提交的结果，精确报告了6个正确答案蛋白质，没有多报告一个假阳，没有遗漏一个真阳。涂慧君提交的结果，报告了7个蛋白质，其中包含了6个正确答案，多报告了1个假阳。另有一支队伍也准确报告了6个正确答案。其他各队稍好的与涂慧君结果相当，或者没有报告错误蛋白质，但遗漏正确蛋白质。最差的队伍遗漏3个，错报了近250个蛋白质。